近年来，乳品质量安全问题深受人们的重视，为了更好的保障乳品的质量安全，伊利建设起了全程追溯体系，随意打开一盒小小的牛奶，从牛奶盒上的条形码，立刻就可以知道这批奶是什么时候出场，来自哪条流水线，具体到来自哪个奶站，哪一头牛，什么时候挤出的奶，*近牛的健康状况如何，都可以一目了然，这就是伊利的全程追溯体系。
例如生鲜乳品质监管，伊利实行了奶站建设标准化、操作标准化、日常管理标准化、建立原料奶快速检测体系、完善质量追溯体系，推行可追溯的管理流程等，从源头上保证了生鲜乳的安全。
在乳品检测环节，伊利建立了强大而完善的质检监测系统。
例如，伊利公司先后投资近3亿元配备了液相色谱仪、酶标仪、抗生素检测仪等检测设备，能够在30分钟内出具三聚氰胺、抗生素及农药残留等项目的检测数据，各项检验、检测指标累计达到899项，仅在原料奶环节，伊利就实现了117项检测标准。
伊利还率先引进并实施国际先进的haccp（危害分析与关键控制点）体系，严格实施生产过程质量风险的识别和评估，对生产工艺的120多个环节深入分析可能引入的生物、物理、化学危害，细化了400多个控制要素，划分了质量风险的等级，建立了专门的控制制度和监督机制，形成了系统的食品安全风险监控体系。
