人们通常说的小曲酒，其实：小曲又称酒药，有无药小曲和药曲之分。小曲的品种很多，所用药材亦彼此各异。但其中所含微生物以根霉、毛霉为主。小曲中的微生物是经过自然选育培养的，并经过曲母接种，使有益微生物大量繁殖，所以不仅含有糖化菌类，同时含有酵酵菌类。在小曲酒生产上，小曲兼具糖化及发酵的作用。我国南方气候温暖，适宜于采用小曲酒法生产。
小曲酒生产可分为固态发酵和半固态发酵两种。四川、湖北、云南、贵州等省大部分采用固态发酵，在箱内糖化后配醅发酵，蒸馏方式如大曲酒，也采用甑桶。用高粱包谷稻谷原料，它的出酒率较高，但对含有单宁的野生植物适应性较差。广东、广西、福建等省采用半固态发酵，即固态培菌糖化后再进行液态发酵和蒸馏。所用原料以大米为主，制成的酒具独特的米香。桂林三花酒是这一类型的代表。此外，尚有大小曲混用的生产方式，如董酒、酒鬼酒，但不普遍。
小曲酒的工艺流程：原料→泡粮→蒸粮（装甑、初蒸、闷水、复蒸）→出甑摊凉、翻粮、加曲加酶、进箱保温→配糟、出箱、摊凉、混合、入池、发酵→蒸馏。
